本发明公开了一种兽用清瘟败毒颗粒及其制备方法，将黄连提取物和黄芩提取物充分混合均匀，得到第一混合物；将填充剂加入第一混合物中，混合混匀，得到第二混合物；将第二稠膏中先加入增稠剂混匀后与所述第二混合物混合制软材，经制粒、干燥和整粒，制得兽用清瘟败毒颗粒。本发明制备的清瘟败毒颗粒不仅可以采用拌饲料方式，还可以通过饮水的方法对患病动物进行投药，尤其适用于瘟热病动物食欲不佳，饮欲旺盛时饮用，提高了动物的用药适从性。提升畜禽消化利用效率，解决了由于家禽消化道短，对中药散剂消化利用不足等缺点，提高清瘟败毒药物的有效率。