本公开涉及一种用于一服务器的电源控制系统及其相关电源控制方法，电源控制系统包含有一电源供应装置，用来提供一主要电源及一待用电源；至少一热插拔控制器，耦接于该电源供应装置；至少一周边元件，通过该至少一热插拔控制器耦接于该电源供应装置；以及一主板，通过该至少一热插拔控制器耦接于该电源供应装置，其包含有：一逻辑元件，用来关闭或重新开启该至少一热插拔控制器；以及一基板管理控制器，耦接于该逻辑元件，用来传送一电源动力循环信号至该逻辑元件以关闭该至少一热插拔控制器，并且传送一重启信号至该逻辑元件以启动该至少一热插拔控制器。