本发明公开了一种基于去硅化物接触孔的物理不可克隆函数电路结构，包括电流比较器、第一行译码器、第二行译码器、第一列译码器、第二列译码器、第一多路选择器、第二多路选择器、第一核心单元阵列及第二核心单元阵列，核心阵列中的基本单元均由去硅化物接触孔晶体管构建得到。本发明基于集成电路设计技术，属于集成电路硬件安全技术领域，基于半导体加工工艺的偏差来获得去硅化物接触孔电阻阻值的一个分布，并利用该阻值分布作为构建物理不可克隆函数的熵源。该物理不可克隆函数电路结构通过较小的面积尺寸即可满足熵源对随机性的要求，并且在环境温度大范围变化的情况下仍然具有极高的可靠性。