本方法涉及一种甲基化肽段的富集方法，利用强阳离子交换柱富集全蛋白酶解液中含有至少两个碱性氨基酸的肽段，然后利用丙烯醛与组氨酸的反应，将醛基修饰在含组氨酸肽段上，最后利用酰肼化学，将含有组氨酸的肽段去除，从而实现更高特异性的甲基化肽段富集。本方法结合质谱检测及软件分析可实现蛋白质中所有精氨酸与赖氨酸甲基化位点的鉴定。与传统强阳离子交换色谱相比，本方法对甲基化肽段的富集特异性高，可以鉴定到更多低丰度的甲基化肽段。