本发明属于微生物分析和微制造领域，公开了一种基于喷雾辅助的微生物接种装置，自上而下依次包括：气溶胶液滴发生装置，用于对含有目标微生物菌种的微生物溶液进行雾化处理以形成气溶胶液滴；气溶胶液滴约束沉降通道，用于约束所述气溶胶液滴的沉降和扩散区域，并形成液滴扩散沉降通道，从而对所述液滴的沉降和收集区域进行控制；并且，所述气溶胶液滴约束沉降通道的末端用于与固体培养基无缝相连，实现固体培养基上目标微生物的接种，以便于后续对目标微生物单菌落的培养。本发明通过对装置内各组件的设置以及相应的配合工作方式等进行改进，能够有效解决现有技术中缺乏兼具操作简单、设备廉价、高通量微生物单菌落培养装置的问题。