本发明公开了一种含有申嗪霉素和乙蒜素的杀菌组合物及其用途，其有效成分分别为申嗪霉素和乙蒜素，其余为农药中允许使用的杀菌剂助剂，通过合理的配比，制成常用农用杀菌剂剂型。本发明的杀菌剂对作物真、细菌性病害均具有更高的防治效果，通过试验证明两种药剂复配使用存在明显的增效作用，提高药效，并能够有效地延缓抗药性的产生，减少用药量，有效的降低了对生态环境的破坏和污染，除此之外也显著提高了作物的产量与品质。本发明涉及的申嗪霉素和乙蒜素均为低等毒性，因此对于人畜、有益生物和环境都安全。