一种微生物发酵饲料的灭菌设备，涉及由微生物或生物化学获得的动物饲料领域，包括罐体，其特征在于，罐体内设有水平的上隔板，罐体内设有刮料机构；所述上隔板的下表面转动连接有下隔板，上隔板和下隔板上均开设有漏料口，下隔板上的漏料口与上隔板的漏料口相错位；所述罐体内设有位于下隔板下方的微波发生装置，罐体底部还转动设有转盘，转盘底部安装有将转盘翻向排料管的倾倒机构。本发明具有先消毒、再灭菌脱毒的特点，饲料在发酵前已经达到灭菌状态且不丧失营养物质，确保发酵过程不受杂菌污染。