本发明公开了一种深长隧道联络风道近净距上跨主洞施工方法，其特点是，包括以下步骤：开挖隧道主洞，对隧道主洞进行初衬施工；在联络风道上跨主洞的位置，对隧道主洞二次衬砌；利用隧道主洞应力计和收敛监测点，分别确定联络风道上跨隧道主洞围岩应力变化率和收敛变化率、无上跨联络风道正常隧道主洞围岩应力变化率和收敛变化率，将所述参数利用权重分析法，建立隧道主洞稳定评价指标；采用混凝土柔膜托梁对联络风道上跨主洞位置进行临时支护，安装注浆锚索，对隧道主洞围岩及二次衬砌混凝土进行注浆，注浆完毕后，围岩稳定，对隧道主洞进行三次衬砌；适用于深长隧道联络风道近净距上跨主洞的施工，施工三层复合衬砌，能够保证隧道主洞的稳定。