本发明公开了一种生物医药用具有除杂机构的药材原料浸泡装置，包括盖板槽、安装箱、承载机体和梯型口槽，所述承载机体的顶端安装有梯型口槽。本发明使用时将药材装载在药物收纳槽内部后通过安装锁定结构将液压升缩杆与药物收纳槽连接，对药物收纳槽内部药材进行上下震荡，药物收纳槽升降产生的水流压力排入推动回流结构内部，通过回流杆将容纳槽内部设置的杀菌反应剂从回流杆顶端设置的回流口冲击至承载机体内部，对内部药材的清洁杀菌过程，对药物收纳槽进行升降震荡浸泡使其浸泡更加充分，其内部杂质可在震荡的工程中从槽孔落入杂质收纳槽，完成对杂质的排出，且可带动推动回流结构工作完成对承载机体内部药材的高效杀菌和除杂过程。