本发明公开了一种次氯酸生产系统及其高稳定性次氯酸生产方法，包括原料输入装置、出液系统、电解模块和超声波振动器，电解模块包含电解槽和电解电源，超声波振动器设于电解模块的电解槽内，电解模块用于对氯化钠溶液与纯水混合溶液进行电解并产生氯气；超声波振动器用于利用超声振动使电解模块产生的氯气形成纳米级的空化气泡；在空化气泡破灭的瞬间通过超声波振动继而再次的合成气泡和破灭，空化气泡在形成与破灭的瞬间产生局部的温度和压力扩散，完成稳定性高的次氯酸溶液的合成。可生产形成稳定性高的次氯酸溶液，提高次氯酸的化学性能稳定性，提高更长期保存可能性，提高次氯酸应用程度。