本发明涉及一种基于电动缸的保温舱盖控制系统和方法，属于控制技术领域，解决现有保温舱盖开关盖过程中左右盖可发生碰撞的问题。系统包括控制器和与其连接的左和右伺服驱动器，控制器生成左盖开使能指令、左开盖电动缸电机的正转转速指令和停止指令，计算左开盖电动缸的实时伸出长度，当其大于等于左右盖碰撞位置后，生成右盖开使能指令、右开盖电动缸电机的正转转速指令，计算右开盖电动缸的实时伸出长度；左伺服驱动器基于左开盖电动缸电机的正转转速指令控制左开盖电动缸伸出并上报左光电编码器的绝对圈数；右伺服驱动器基于右开盖电动缸电机的正转转速指令控制右开盖电动缸伸出并上报右光电编码器的绝对圈数。避免开关盖过程中左右盖碰撞。