本发明公开了一种分离式弹性无菌电温瓶，包括电温瓶本体和设置在电温瓶本体顶部的无菌瓶盖和设置在电温瓶本体底部的无菌瓶底盖，所述无菌瓶盖顶面一侧沿竖直方向开设有柱状槽口，所述柱状槽口内部设置有上固定筒和下换气筒，所述上固定筒和下换气筒之间设置有无菌密封垫，所述上固定筒的内部设置有竖直导向机构，所述下换气筒的内部设置有无菌滤芯筒，所述下换气筒的表面上开设有若干个换气孔；所述无菌瓶底盖包括连接盖和加热底座，所述连接盖卡接在加热底座上，所述加热底座的内部设置有加热机构，本发明结构紧凑，设计合理，将无菌瓶盖与无菌瓶底盖在电温瓶本体上分体设计，便于产业量产。