本发明提供了一种基于热容差异的卫星阴影期热补偿功耗节约方法及系统，包括如下步骤：建模步骤：建立卫星的热仿真模型，得到各电子设备的温度随时间变化曲线；修正步骤：通过热平衡试验修正各电子设备的热容参数；第一计算步骤：根据电子设备的温度变化曲线，计算电子设备温度变化速率；确定步骤：根据电子设备的温度变化曲线确定热补偿加热器阴影前的开机时刻；关闭步骤：卫星进入阴影期前一分钟，关热补偿加热器；第二计算步骤：计算加热器在阴影期的关机时刻；上注步骤：根据加热器的开机时刻和关机时刻设计延时指令并上注。本发明提供的方法能够节省人力成本，节省卫星重量，确保卫星的用电安全。