本发明公开了一种具有双层隔离封环的洁净流体管式加热器，包括设于加热器两侧处的隔离封环，所述隔离封环为双层分体式结构，隔离封环包括封环外环和封环内衬，封环外环用于在高承压状态下封环外环形变小，避免出现变形失效引起加热器损坏，封环外环同轴线套接于封环内衬外侧，封环外环内侧壁紧贴封环内衬外侧壁；封环内衬内设用于外界流体流入或流出的端口流道，封环内衬内并位于端口流道靠外一侧处设有呈环形的限位凹槽，管式加热管左右两端分别固定连接设于对应两侧的限位凹槽间处。可加速间隙中流体流动，避免间隙中气泡聚集，避免热管局部热量聚积无法及时散去，防止引发局部高温，提高热管使用安全可靠性。