本发明涉及一种基于区块链技术的跨部门数据共享系统及方法，系统包括查询服务器、排序节点和多个部门存储中心，每个部门存储中心内，数据采集模块与数据处理服务器连接，数据处理服务器分别与分布式存储系统和查询服务器连接，分布式存储系统与查询服务器连接；数据处理服务器作为区块链的peer节点，排序节点通过消息通道分别与各个部门存储中心进行信息传输。与现有技术相比，本发明通过区块链技术，将结构化数据直接上链存储，能保证数据不会发生篡改，将非结构化数据的原始hash值上链存储，后续查询数据时再进行hash值验证，还可以进行溯源，进一步限制了对数据进行篡改的行为，提高了数据共享系统的安全性、可信性。