本发明提出了一种基于光纤通讯的电动机差动保护方法，包括：分布式差动保护网络系统内远端采集单元通过与保护主装置之间的通讯交换自主完成与差动保护主装置之间的采样同步。通过远端采集单元与保护主装置之间采样时钟同步，实现电动机末端数据分布式同步采集。利用以太网高速、大容量的数据传输能力，实现远端同步采集的保护原始数据的快速、完整传输到差动保护主装置由保护主装置构建完整的差动保护数据，实现高精度、快速纵联差动功能。本发明电动机分布式差动保护通讯网络采用光纤以太网络，不需要外部时钟源，差动保护主装置是主时钟源，远端采集单元是从时钟装置，分布式远端采集单元自主实现与保护主装置之间的采样时钟同步。