本发明公开了一种可生物降解的脂肪族‑芳香族共聚酯及其制备方法，所述方法包括，原料芳香族二羧酸、脂肪族二羧酸、脂肪族二醇经过连续酯化后，加入醇胺类改性共聚单体并进行连续预缩聚，由此将叔胺基团接入脂肪族‑芳香族共聚酯分子链中，然后加入异氰酸酯扩链剂进行扩链反应使得所得产物共聚酯的分子量、熔融指数和特性粘度达到目标值。本发明所公开的脂肪族‑芳香族共聚酯的制备方法，相比较于现有技术，在扩链时异氰酸酯反应效率提高，异氰酸酯残留率降低。本发明所公开的可生物降解的脂肪族‑芳香族共聚酯具有较好的耐水解性，因此在农业地膜中具有广泛的应用前景。