本发明公开了一种神经外科用颅骨骨瓣活性保存系统，包括箱体，箱体通过隔板分为杀菌室和保存室，在箱体顶端外侧还设有储液室，在杀菌室的上部还通过支架固定安装有螺旋管，在螺旋管的输入端还连接安装有清洗直通管，清洗直通管输入端设有第一电磁阀、输出端设有第二电磁阀，且清洗直通管通过管道与储液室相通，在清洗直通管顶部还固定安装有用于杀菌的阴极射线管，螺旋管的输出端处还设有过滤网，本发明实现了多步骤环节的一体化自动操作，省时省力，大大提高了该系统设备的智能化和自动化程度，骨瓣清洗和保存阶段全程无菌操作，避免了外界细菌和病毒的感染，保证了骨瓣的活性度，大大提高了该系统对骨瓣保存的高效性和实用性。