本发明公开了一种基于电阻辨识的磁悬浮分子泵定子温度监测系统及方法，用于对磁悬浮分子泵定子系统进行温度实时监测，其硬件部分包括DSP电路、电机信息接口电路、磁轴承信息接口电路、外设接口电路和通讯接口电路。该系统可以利用磁悬浮分子泵电机和磁轴承的控制系统所采集的电机绕组电流、电机绕组电压、转子位置、磁轴承绕组电流和磁轴承绕组电压，通过辨识算法得到电机与磁轴承的定子电阻数值，然后依据相关材料与温度的关系，估计得到磁悬浮分子泵的定子温度，无需传统温度传感器，提高了分子泵温度监测系统的可靠性，简化装配流程。