本发明公开了一种生物育种用种子自动填盘清洗装置，包括填盘摆放装置本体，所述填盘摆放装置本体的内腔固定有横杆；所述填盘摆放装置本体的一侧表面固定有支撑板，所述支撑板的顶端表面设置有水箱，所述水箱的一侧内壁贯穿有导液管，所述导液管贯穿填盘摆放装置本体的一侧外壁，所述导液管远离水箱的一侧延伸至横杆的内腔并于一侧表面固定有等距分布的出水管；通过设置的水箱，能够便捷、快速的对摆放盒内的种子进行清洗，保证了种子后期的培育质量；通过设置的储液盒，便于对清洗后的污水进行先过滤后回收，提高了水的利用率；通过设置的加固套座，便于对导液管与水箱的连接处进行加固，保证了导液管对水的导流作用，提高了装置的密封性。