本发明公开了一种海底表层沉积物原位孔隙水保真取样器和方法，包括隔离组件、支撑架和控制舱，隔离组件包括内部设置有容纳腔的壳体，容纳腔一侧开设有开口，开口上盖合有盖板，盖板一侧端面由下至上设置有多组取样孔，每组取样孔的输出端连接有取样组件，取样组件包括孔隙毛细管、导管和取样筒，孔隙毛细管的输入端与取样孔连接，孔隙毛细管通过导管与取样筒连接，所述蓄能模块环绕固定于支撑架体，所述支撑架体的下端与壳体的上端连接，所述蓄能模块与取样筒连接。在本发明中，取样组件通过取样孔对不同深度的孔隙水进行取样和保存，构建海底时间序列化的多层位孔隙水样本，实现高分辨率立体取样。