本发明公开了一种应用于污水处理的复合微生物菌剂，涉及环保及微生物技术领域，菌剂包括复合微生物菌液，复合微生物菌液来自微生物发酵液，包括枯草芽孢杆菌、交替假单胞菌、双岐菌和酵母菌；由于污水处理环境中，复合微生物菌剂的工作环境较为复杂，温度、pH等条件不稳定，导致传统菌剂功能和使用时间不稳定，本发明采用的菌剂配方，仅使用四种微生物，四种微生物通过彼此之间作用，配合本发明提供的整体制备方法，能够适应复杂多变的工作环境，菌剂死菌率低，活性高，且这种工作环境中的污染微生物较多，本发明通过特定制备方法，杜绝了污水环境微生物对菌剂自身组分微生物的污染，保证了复合微生物菌剂稳定高效的长期使用效果。