本发明提供一种水产养殖用自动化青苔及蓝藻清理装置及其控制方法，水产养殖用自动化青苔及蓝藻清理装置包括安装架和安装台，安装台与安装架表面滑动连接，安装台的内壁开设有收集槽，安装台位于安装架的一端固定连接有两个对称设置的喇叭，安装台远离喇叭的一端设有盖板，安装台位于盖板一端设置有清除装置。本发明基于刀具与螺旋叶，当大体积青苔进入设备时通过刀具对其进行初步分解，再由螺旋叶导流将青苔和蓝藻排入收集框内，使得清除装置在对不同体积青苔和蓝藻都能稳定的进行处理，提高收集效率，确保设备的易用性。