本发明公开了一种基于贝叶斯的儿童脑活动异常病灶区成像系统。该系统包括：信号处理模块，用于获取脑电磁采样数据，对电磁采样数据进行预处理；脑活动异常识别模块，用于从预处理后的脑电磁采样数据中识别出异常波和非异常波；噪声估计模块，用于从非异常波中估计背景干扰噪声；脑源活动重构模块，用于结合异常波与估计的背景干扰噪声，采用贝叶斯估计方法获取脑异常活动病灶区位置及其病灶区脑源活动时间序列；成像模块，用于根据脑源活动进行成像。本发明可以极大地提高病灶区定位和重构的精准性，特别适用于自闭症儿童的儿童脑电活动异常病灶区成像。