本发明提供一种应用程序身份识别方法、装置、电子设备与存储介质，方法包括：根据目标应用程序的运行环境，确定所述目标应用程序的安全性要求；当所述目标应用程序的安全性要求高于或等于安全等级阈值时，为所述目标应用程序确定目标应用程序的程序特征值；其中，所述目标应用程序的程序特征值是根据所述目标应用程序的程序文件的内容确定的、具有固定长度且不允许修改的值，所述目标应用程序的程序特征值与所述目标应用程序之间具有唯一的对应关系；根据所述目标应用程序的程序特征值，对所述目标应用程序做身份识别。本发明利用应用程序与程序特征值之间对应关系的唯一性，可以准确地实现应用程序的身份识别。