本发明提供了一种便携式宠物厕所系统及使用方法，它解决了宠物厕所无法自动清理等问题，其包括具有厕所空间的宠物厕所箱体，宠物厕所箱体上设有与厕所空间相连通的宠物进出口，在宠物厕所箱体内设有具有环形运载皮带的运载皮带驱动机构，环形运载皮带一端与设置在宠物厕所箱体底部的排泄物收集盒体相连通，环形运载皮带周向外侧设有排泄物冲洗机构以及排泄物检测系统，宠物厕所箱体上分别设有与厕所空间相连通的进风口和出风口，且进风口和出风口之间通过循环过滤机构相连，在宠物厕所箱体内设有位于厕所空间内的照明机构和/或感应机构。本发明具有可自动清洁内部厕所空间、有效抑制病菌滋生等优点。