本发明系提供一种病菌防治型医疗用室内空气净化系统，包括沉降通道和循环通道，沉降通道的底部设有水槽，沉降通道和循环通道之间连接有粉尘过滤模块；循环通道内设有消杀流道组，消杀流道组包括2n个单流道，单流道内设有前紫外灯和氧化还原网；所有的单流道之间固定有中心轴，中心轴的两端分别转动连接有前齿轮和后齿轮，前齿轮中设有n个前通风孔；循环通道连接有臭氧管；循环通道内还设有循环风机，循环风机远离消杀流道组的一侧设有臭氧分解网和活性炭滤网。本发明具有优良的消毒杀菌性能，送出的空气净化程度高，最终输出的空气经过臭氧吸收和分解，安全性能高；消杀流道组通过特殊的结构实现交替的消杀和流通动作。