本发明公开了一种微生物超声注浆加固地基的装置及其施工方法。该装置包括注浆管，注浆管上侧连接有超声波聚能器，超声波聚能器包括超声波变幅器和超声波换能器，超声波换能器与超声波变幅器和注浆管的上端分别连接，注浆孔的底部设有脉冲发生器，注浆管一侧的地面上设有超声波传感器，超声波传感器与示波器连接，注浆管的上端与进浆管连接，进浆管通过注浆泵与两个进浆桶连接，两个进浆桶分别装有菌液和胶结溶液。本发明可提高加固均匀性，可以对更深层土体进行加固，浆液可以从管壁有孔的注浆管协同超声波作用向四周扩散，加固范围更大，整体性更高，保证加固的均匀性，适用土体类型广泛。