一种基于误码率检测的多通道数字信号同步方法及系统，涉及多通道数字信号同步技术领域，包括于所有通道的输入侧设置伪随机码发生器，于所有通道上分别设置可调时间延迟线。将任意一条通道设为参考通道，除参考通道外的其他通道设为调整通道，对每个调整通道分别进行与参考通道的时间同步。进行时间同步时，通过伪随机码发生器向调整通道输入伪随机码后，对调整通道上的可调时间延迟线进行时间延迟值扫描并记录该调整通道和参考通道合路后的输出信号的误码率，误码率最小时该调整通道与参考通道实现时间同步。本发明不依赖于采用高速ADC，采用闭环测量控制措施，从精细时间同步的目的出发，同步精度高，同步成本低。