本申请公开了一种临近空间垂直投放发射点火阶段制导控制方法及系统，该方法包括:确定飞行器进入点火阶段后根据获取到的俯仰通道力矩指令以及第一参数集计算获得俯仰通道舵面控制指令；根据获取到的俯仰通道舵面控制指令、偏航通道力矩指令以及第二参数集计算获得偏航通道舵面控制指令；根据获取到的俯仰通道舵面控制指令、偏航通道舵面控制指令、滚转通道力矩指令以及第三参数集计算获得滚转通道舵面控制指令。本申请提供的临近空间垂直投放发射点火阶段制导控制方法，可以获取飞行器的点火时间，还可以在飞行器点火后对飞行器进行制导，以便修正飞行器的实际飞行轨道，使其尽量与理想轨道相符，消除偏差的影响。