一种配置Java Card参数的方法和系统，能够通过读卡器与Java Card建立连接，并获取用户选择的待配置Java Card参数以及相应的目标参数值，在执行与Java Card之间的安全认证后，向Java Card发送包括目标参数值的参数配置APDU命令，将Java Card参数配置区中的待配置Java Card参数修改为目标参数值，使得在Java Card发行之后，能够在不改变程序代码的情况下对Java Card的参数进行修改以适应不同需求，从而方便了Java Card的开发工作，使Java Card能够更灵活地应对各种需求。