本实用新型公开了一种基因工程药物搅拌装置，包括箱体，所述箱体的内腔从上往下依次固定连接有第一横板和第二横板，所述箱体的顶部固定连接有双轴电机，所述双轴电机的转轴固定连接有第一锥齿轮，所述第一横板顶部的两侧均活动连接有第一转杆，所述第一转杆的顶端贯穿至箱体的顶部并固定连接有第二锥齿轮，所述第一锥齿轮与第二锥齿轮啮合。本实用新型具备搅拌均匀且可对药液进行过滤的优点，解决了现有的基因工程药物搅拌装置，由于结构单一，在使用过程中，通常只对药液进行一次混合，导致药液混合不均匀，影响药液效果，且无法对混合后的药液进行过滤，导致药液中容易含有残渣，降低了搅拌装置适用性的问题。