公开了一种育苗穴盘自动清洗消毒装置，该装置包括分立联合的清洗装置和消毒装置，该清洗装置包括依次设置的冲洗系统、洗净系统、干燥系统，以及多级循环过滤系统、动力输送系统和控制系统，该消毒装置接连在该清洗装置后，包括雾化喷淋系统和无动力滚筒组。本实用新型的育苗穴盘自动清洗消毒装置通过分立联合的清洗装置和消毒装置确保了消毒的独立无干扰，依次进行清洗、除水干燥后再进行消毒处理提高了消毒的可靠性，多级循环过滤系统为冲洗系统和洗净系统提供相应净度的净水，冲洗系统和洗净系统配合，提高了清洗效果，消毒装置的无动力滚筒组与清洗装置的动力输送系统联合实现输送功能，简化了设备，降低了设备的动力成本。