本实用新型涉及医疗器械技术领域，尤其涉及一种脂肪自动分离过滤器。它包括：杯体、微粒过滤器、支架、大粒过滤器以及杯盖。微粒过滤器位于在杯体内。支架装配在微粒过滤器上，大粒过滤器固定在支架上。杯体上设置有第一开关阀，杯盖上设置有第二开关阀和清洗管。本实用新型在对脂肪过滤和清洗两个步骤中，杯盖一直对杯体进行密封，从而可以防止脂肪长时间接触空气导致被污染，进而减小了人体在进行脂肪移植过程中被感染的风险。同时，将微粒过滤器、支架、杯体以及杯盖相互之间设置为可拆卸的结构，因此在完成过滤后，可以将各部件拆卸后一一进行清洗，解决了装置复杂而无法进行完全清洗的问题。