本实用新型揭示一种水净化微生物孵化器，包括框架本体，框架本体的每个侧面上均固定有侧板，框架本体的底部固定有底板，框架本体的内部设置有繁殖腔，位于繁殖腔上方的每块侧板中均设置有若干个第一通孔，繁殖腔中安装有微生物繁殖装置，框架本体上固定有微纳米气泡水发生器，微纳米气泡水发生器的进口端连接有进水管，进水管远离框架本体的一端伸入在位于框架本体下方的水体中，微纳米气泡水发生器的出口端连接有出水管，出水管远离微纳米气泡水发生器的一端伸入在繁殖腔中，框架本体的上端固定有浮体；本实用新型不仅能够提高水中的含氧量以促进水中生物及植物的生长，而且还能够向水体中添加微生物，从而能够提高对水体治理的效果。