本实用新型涉及水产养殖系统的技术领域，且公开了一种适用于工厂化循环水养殖的紫外杀菌系统，机体的上端设置有进水管，进水管的下端固定连接有软管，软管的下端贯穿上方水管的外部并延伸至上方水管的内部，软管的下端设置有两个水管，每个水管的内部均设置有转动机构，通过设置两个水管与连通管配合旋转电机与挡板，当养殖池塘中的水经由进水管进入水管的内部时，此时旋转电机与紫外线照射器开始工作，水流落入水管的内部之后，经由搅拌杆带动挡板进行转动，挡板在转动时会带动水管内的水流开始转动，从而使水流在水管的内部反复转动，此时紫外线照射器对水流内的杀菌效果均为相同，进而有效的保证了本设备进行紫外线杀菌时的杀菌质量。