本实用新型公开了一种农用微生物菌剂杀菌设备，包括基座、清洗结构、杀菌结构和拆装结构，所述基座顶端的中间位置处固定连接有腔体，腔体的两侧均固定连接有支架，所述腔体的一侧固定连接有清洗结构，所述腔体的内部及外部一侧的底端均固定连接有杀菌结构，所述杀菌结构的内部依次安装有翻转辊、底座、驱动电机、外罩、加热丝、鼓风机、风管、吹风网和紫外线杀菌灯。本实用新型通过设置有杀菌结构提升对菌剂内部的杂菌的清除，将菌剂经过进料口进入腔体的内部，放入后通过驱动电机带动翻转辊对菌剂进行杀菌翻转，鼓风机启动通过加热丝经过风管，最终通过吹风网对腔体内部高温杀菌，同时配合紫外线杀菌灯能够对装置内部有效进行杀菌。