本实用新型公开了一种光电编码器轴系，属于光电编码器领域，包括：万向弹性联轴器、轴套、轴承、端盖、保持架和轴，所述万向弹性联轴器套设在所述轴上，所述轴承套设在所述轴上并与所述万向弹性联轴器一侧相配合，所述轴套套设在所述轴承上并固定在所述万向弹性联轴器上，所述保持架套设在所述轴上，所述保持架分别与所述轴承和轴套的内圈相配合，所述端盖套设在所述轴上并分别与所述轴套和保持架相配合。本实用新型采用保持架钢球压紧在轴承外圈上，该结构减小了光电编码器的轴向尺寸及径向尺寸，有利于光电编码器的高精度与小型化。本实用新型采用万向弹性联轴器与用户进行机械连接，减小轴向尺寸使安装使用更加紧凑。