本实用新型公开了一种高效环保的农业种子加工设备，属于种子加工技术领域，其包括箱体，所述箱体内设置有第一盒体，所述箱体的正面与第二盒体的右侧面分别设置有第一盖板和第二盖板，所述第一盒体内壁的上表面与箱体的上表面卡接有同一个进料口。该高效环保的农业种子加工设备，通过设置第一震动电机、底板、软管和第一支撑弹簧，在工作人员使用时首先启动第一震动电机，使得底板带动隔板和滤网开始震动，大量的杂质穿过滤网掉落在底板的表面，杂质顺着软管进入废物盒中收集起来，防止杂质四处散落对环境造成不利影响，防止了加工处理时杂质会损坏加工设备的正常运行，一定程度上提升了种子的存活率。