本实用新型提供的一种纯水泡膜系统及应用其的净水系统，包括：用于原水输入的原水输入端；反渗透过滤部，其包括反渗透进水口、纯水出口及废水出口；纯水箱，其包括箱体，所述箱体上侧位置设置有水箱进水口，所述箱体下侧位置设置有水箱出水口；所述箱体内上部位置设置有高水位感应部，所述箱体内下部位置设置有低水位感应部；水流沿所述原水输入端、反渗透进水口至纯水出口流动，构成有纯水制水流道；水流沿所述纯水出口至所述水箱进水口流动，构成有纯水回水流道；水流沿所述水箱出水口至所述反渗透进水口流动，构成有纯水泡膜流道；该纯水泡膜系统的设置应用，可有效地对反渗透过滤部进行泡膜冲洗。