本实用新型公开了一种实验动物运输箱，包括箱体和箱盖，所述箱体和箱盖组合后形成用于容纳实验动物的腔体，所述箱体和箱盖上开设有透气窗，所述透气窗上覆盖有过滤膜，所述过滤膜的边缘紧密贴合在所述透气窗的边缘上，所述透气窗的边缘上具有凸起，相邻所述凸起之间形成凹槽，所述过滤膜的边缘与所述凸起和凹槽形成嵌合结构。本实用新型的实验动物运输箱，箱体或箱盖上设置有凸起和凹槽间隔设置的结构，通过将过滤膜的边缘与凸起和凹槽形成相互嵌合的结构，从而保证了过滤膜的边缘与箱体或箱盖紧密贴合且牢固，不会容易脱落，不仅延长了使用寿命，且保证了气密性和过滤性，有效控制箱体内环境不受污染。