本实用新型提供了一种隔离转运CT扫描系统及扫描方法，涉及断层扫描医疗器械技术领域，系统包括隔离转运车、扫描间、CT机架、升降扫描床、从CT机架前方延伸至扫描间的门外的扫描轨道；隔离转运车包括车架、安装于车架底部的四个滚轮、可拆卸安装于车架上的转运托板、固定于转运托板上且位于车架前侧的头罩、以及安装于车架尾部的隔离膜卷筒；头罩的顶部为呼吸过滤防护面罩；其中一个滚轮上安装有驱动装置。本实用新型可以让患者在扫描间外完成隔离，然后通过隔离转运车转运到CT扫描间，且能自动进扫描间上下床扫描，无需医护人员辅助，能有效防止交叉感染。进而扫描室无需频繁消毒、等待、很大的操作空间，可以满足大批量应急连续检查扫描需求。