本实用新型公开了一种水质监测系统废液处理装置，包括水质自动站，所述水质自动站包括废液收集部、废液处理部和废液检测排放部，所述废液收集部包括监测仪表和废液桶，所述废液处理部包括标液瓶、酸碱浓度测试仪、循环泵，所述废液检测排放部包括过滤泵、PP棉过滤器、活性炭过滤器和树脂离子交换柱，所述监测仪表与废液桶之间通过流水管固定连通。该水质监测系统废液处理装置，达到了对废液中的大颗粒物、有机物以及有色污染物进行过滤后，对废液中的重金属及盐类物质进行离子交换的效果，从而解决了水质自动站运行过程中产生的废液对环境造成二次污染的问题，从而具有实现绿色零污染水质监测的特点。