本实用新型提供了一种座便器低水箱结构，包括：陶瓷座，陶瓷座的后侧设置有水箱，水箱内部一侧设置有排水阀，水箱另一侧底面设置有凹槽；隔离箱组件，隔离箱组件设置于凹槽内，其包括外壳、设置于外壳内的水管组以及与水管组相连接的水泵，靠近外壳底部的侧壁上设置有与水泵的吸入口相连接的第二开孔。隔离箱组件内处于无水状态，水泵外壳与空气接触，使水泵不会受到水长期浸泡，对水泵的可靠性提供保障；水箱底部开设的凹槽，能提高陶瓷水箱的空间利用率，保证水泵的安装后吸水口低于水箱底面，防止水箱底部的水无法利用；本实用新型有效地解决了水箱中水利用率低的问题，且当水泵需要保养时，可以直接从上部维修保养，不必挪动陶瓷座便器。