本实用新型提供立式特殊医学用途配方食品用包装袋，包括特医食品袋和两通可填充式瓶盖，所述特医食品袋包括第一袋嘴，所述第一袋嘴设置在包装袋本体上端一侧的袋口处，所述袋口下端设有易折带，所述两通可填充式瓶盖包括瓶身，所述瓶身一端与第二袋嘴的一端之间通过喇叭形第一弧形片连接，瓶身另一端与第三袋嘴的一端之间通过喇叭形第二弧形片连接，所述第三袋嘴另一端外表面设有环形凸起，所述软胶盖内表面与第三袋嘴外表面相配合并覆盖环形凸起。本实用新型区别于传统的包装形式，将热敏感组分例如维生素和矫味剂独立包装，填封于两通可填充式瓶盖中，避免与营养液混合进行高温灭菌，保证了营养成分的充足性和有效性。