本实用新型公开了植物外植体自动消毒装置，属于植体培育技术领域，其包括底座，所述底座的上表面固定连接有支撑架，所述支撑架的右侧面设置有操作面板，所述支撑架的右侧面固定连接有药腔。该植物外植体自动消毒装置，通过设置放置皿、网板、限位杆、套管和卡槽，植体放置在放置皿中进行消毒时，由超声波发生器作用将植体表面的杂物清理掉，利用网孔较大的网板可以使得杂物通过网孔掉落与植体保持分离，这样有效防止杂物附着在植体上，并且通过旋转限位杆可以配合卡槽对放置皿进行便捷的限位，便于消毒清理植体，同时也方便工作人员随时利用限位杆将放置皿拿取出来后，再将植体进行转移，防止转移过程中对植体造成二次污染。