本实用新型公开了一种玻璃瓶清洁系统，涉及清洁技术领域。所述玻璃瓶清洁系统，包括输送链和玻璃瓶清洁单元，所述玻璃瓶清洁单元包括电机以及与电机连接的滚毛刷，所述滚毛刷位于所述输送链上方，所述输送链的一侧设置有支架，所述电机高度可调地安装在所述支架上，所述玻璃瓶清洁单元还包括位于所述滚毛刷上方的吸尘罩和抽风管，所述吸尘罩安装在所述支架上。与现有技术相比，本实用新型的玻璃瓶清洁单元结构简单，滚毛刷和吸尘罩的高度便于调节，能够满足不同大小的玻璃瓶的清洁要求；玻璃瓶清洁系统还可以沿输送链的长度方向并排设置多个玻璃瓶清洁单元，清洁效率高。