本实用新型公开了一种高效深度脱氮除磷过滤器，包括筒体、支撑所述筒体的支架、位于所述筒体内的填料、以及与所述筒体连通的进水管、出水管、反洗进水管和反洗出水管，所述筒体的顶部设有上盖，所述上盖下方设有压紧所述填料的压紧件，所述筒体上方通过第一电动三通阀与所述进水管和所述反洗出水管相连通，所述筒体下方通过第二电动三通阀与所述出水管和所述反洗进水管相连通，所述反洗出水管与所述进水管共同连接同一污水池。该过滤器通过填料对污水进行深度脱氮除磷，过滤器简单便于用于多种场所，尤其是小型污水处理场所，并且配置反洗功能，清水自下往上对除磷专用填料进行反清洗，有效避免除磷专用填料堵塞。