本实用新型公开了一种便携式水稻单株脱粒系统，包括：壳体；送料机构，设置于所述壳体的入料口，包括移动送料底部和滚筒，所述移动送料底部可调节与所述滚筒的垂直距离，所述移动送料底部包括滚轮，所述滚轮和所述滚筒的滚动方向与进料方向一致调节所述垂直距离以实现对待脱粒植物的挤压；脱粒机构，设置于所述壳体，接收所述送料机构输送的待脱粒植物，并实现脱粒；接料机构，设置于所述脱粒机构的底部，以接收所述脱粒机构脱落的颗粒；通风机构，设置于所述接料机构与所述脱粒机构之间，以对所述脱粒机构的颗粒进行通风。应用本实用新型实施例，应用本实用新型可满足科研人员在田间快速方便取样的需求，脱粒机对水稻种子冲击力大大降低。