一种具有多重净化单元的净水系统及包含该系统的净水器，设置有主过滤机构和电再生过滤单元，主过滤机构的纯水输出口与电再生过滤单元的进水口连通，主过滤机构的浓水输出口与总浓水通道连接，电再生过滤单元产出的纯水作为整体水处理系统的总纯水产水。在净水工况时，将主过滤机构产出的主处理纯水输送至电再生过滤单元作为电再生过滤单元的原水，经电再生过滤单元处理后得到电再生过滤单元的纯水，不仅能够解决在净水开始的一段时间内产出的头杯纯水含盐量较高的问题，优化用户的体验，且能够提高纯水产水资源的净化效果。